logo PTBIOCH

logo FEBS

Pozycje "PostDoc"

Main supervisor: Kristoffer Sahlin (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.) Overview We see a rapid increase in generated DNA and RNA sequencing data with recent sequencing technology developments. As DNA and RNA datasets and databases grow, computational algorithms to index and search the datasets need to improve not o become a bottleneck. Recently, several novel methods for sequence similarity searches in such datasets have been proposed. One such method is strobemers [1], which can be used for general-purpose text similarity matching. Strobemers was published at a proof-of-concept level [1] and has shown to be a very efficient method to use in foundational algorithms in bioinformatics such as read alignment [2]. Strobemers is a seeding technique conceptually different from previous approaches and has opened up several new directions to study this class of indexing methods further. At a high level, a strobemer is a gapped seed formed from n linked substrings of length k (k-mers) that occurs close by in the text (within a distance [w_min, w_max]). Strobemers are specified by four parameters (n, k, w_min, w_max), together with a hash function that determines which k-mers to link. 1. Sahlin, Effective sequence similarity detection with strobemers, Genome Res. November 2021 31:2080-2094; doi:10.1101/gr.275648.121. 2. Sahlin, Flexible seed size enables ultra-fast and accurate read alignment 2022, bioRxiv; doi:https://doi.org/10.1101/2021.06.18.449070.

Project 1: Exploring representations and parametrizations of strobemers for sequence similarity searches In this project, we aim to study further the properties of strobemers, such as (i) optimal parameters for various sequence diversity levels (ii) which hash methods are best for efficient pseudo-random generation of strobes (iii) alternate strobemer representations (as fuzzy seed or linked k-mers) and which is best for various applications (iv) exploration of alternative constructions.

Project 2: Algorithms for efficient biological sequence similarity searches This project aims to utilize and adapt strobemers for sequence similarity search in various bioinformatics algorithms. There are several avenues to explore, such as long-read mapping, genome assembly, and sequence clustering. Compared to project 1, this project is more focused on end-to-end algorithm development and will use several additional computational techniques.

_________________________________________________

Main supervisor: Marc Hellmuth (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.) Co-supervisor: Lars Arvestad (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.) Project: Computational and mathematical studies of ancient DNA In this PhD project, you will develop mathematical and computational tools for the study of ancient DNA. The project is conducted in collaboration with Anders Götherström (Dept of Archaeology) and Love Dalén (Dept of Zoology and the Swedish Museum of Natural History), who founded Center for Palaeogenetics at Stockholm University. Computation and data availability has changed biology and medicin, and enabled entirely new scientific questions to be asked. In palaeogenomics, the quality of DNA is fairly low which causes extra challenges for analysis, because the standard tools are not constructed for low-quality data and the specific data characteristics of ancient DNA. We are looking for candidates with a strong background in Bioinformatics, Mathematics, Statistics, and Computer Science. The work will include programming, practical data analysis, as well as theoretical analysis.

Stanowisko Postdoka w projekcie NCN Sonata pt. „Komórkowe i molekularne mechanizmy indukcji cytokin mobilizujących”, który jest kontynuacją naszych wcześniejszych badań (praca w załączniku). Celem projektu jest identyfikacja komórek i czynników transkrypcyjnych, które indukują produkcję G-CSF oraz innych czynników mobilizujących komórki ze szpiku kostnego do krwi. 

Więcej informacji na temat projektu oraz naszej grupie znajduje się na stronie: https://www.nicheworks.eu/post/post-doc-position-available

Instytut Hematologii i Transfuzjologii w Warszawie zatrudni Bioinformatyka (Post-doc)
do realizacji zadań w projekcie badawczym pt. „Discovery and Characterization of Non-canonical PIM Kinase Functions in Lymphoma” realizowanego w ramach programu TEAM Fundacji na rzecz Nauki Polskiej oraz innych projektów realizowanych w Instytucie.

Miejsce pracy: Warszawa

Wymiar etatu: 1

Zadania badawcze:

  1. Analiza danych RNA-seq, wizualizacja wyników.
  2. Analiza danych Chip-seq, wizualizacja wyników.
  3. Integracja wyników.

Wymagania:

  1. Stopień doktora (bioinformatyka, biologia, biochemia, biologia molekularna, biotechnologia lub dyscypliny pokrewne), uzyskany nie wcześniej niż w roku 2013,
  2. Doświadczenie w bioinformatyce, zwłaszcza analizie danych NGS – w szczególności RNA-seq i Chip-seq
  3. Umiejętności programistyczne, znajomość środowiska R/Bioconductor
  4. Podstawy wiedzy teoretycznej z zakresu onkologii molekularnej, patogenezy nowotworów układu chłonnego, regulacji transkrypcji
  5. Współautorstwo publikacji dotyczących w/w zagadnień i prezentujących wyniki badań ChiP-seq/RNA-Seq
  6. Biegła znajomość języka angielskiego.

 

Oferujemy:

 

  1. Praca w profesjonalnym, dynamicznym i przyjaznym zespole naukowym w Instytucie Hematologii i Transfuzjologii.
  2. Możliwość rozwoju naukowego poprzez interdyscyplinarną współpracę i udział w stażach zagranicznych.
  3. Wynagrodzenie w wys. 13500 zł brutto, w tym: TEAM - 10 500 brutto (70% czasu pracy) i Inne projekty – 3000 brutto (30% czasu pracy).

          

Wymagane dokumenty (w j. angielskim):

  1. CV z uwzględnieniem listy publikacji, staży naukowych i ew. innych osiągnięć naukowych.
  2. List motywacyjny.
  3. 2 listy rekomendacyjne od byłych przełożonych lub opiekunów naukowych z danymi kontaktowymi do osób polecających kandydata (o ile możliwe – przesłane bezpośrednio do Kierownika Projektu (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.).
  4. Ewentualnie posiadane certyfikaty znajomości języka angielskiego.
Zgłoszenia prosimy przesyłać na adres: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. w terminie do dnia 10.11.2019r.
Dodatkowe informacje na stronach:
W związku z wejściem w życie Rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. uprzejmie prosimy o zamieszczenie w treści ogłoszeń rekrutacyjnych następującej treści:
"Wyrażam zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych przez Instytut Hematologii i Transfuzjologii w Warszawie, 02-776 Warszawa ul. Indiry Gandhi 14, zawartych w mojej ofercie pracy dla potrzeb niezbędnych do realizacji procesu rekrutacji do projektu TEAM 5/17 Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej”

Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN poszukuje
kandydata / ów na stanowisko:

Post-Doc

 

Liczba stanowisk: 1

Miejsce wykonywania pracy: Pracownia Procesów Transportu w Błonach Biologicznych

Profil zawodowy badacza (R1-R4): R2

Dziedzina nauki (np. biologiczna, ekonomiczna): biologiczna

Typ i rodzaj konkursu: NCN OPUS - NZ

Wymagania:

            - wykształcenie: stopień doktora w dziedzinie nauk ścisłych i przyrodniczych lub nauk medycznych, czy farmaceutycznych uzyskany nie wcześniej niż 5 lat przed rokiem zatrudnienia (2019); limit czasu upływającego od uzyskania stopnia doktora dla aplikujących na te stanowiska kobiet może być przedłużony o 1,5 roku za każde urodzone bądź przysposobione dziecko

            - doświadczenie zawodowe: opanowanie samodzielnej pracy eksperymentalnej, czynny udział w konferencjach naukowych, dobrze widziane staże zagraniczne

            - umiejętności: doświadczenie w hodowli komórek ssaczych, znajomość podstawowych technik biologii molekularnej oraz biochemii białek, bardzo dobra znajomość j. angielskiego umożliwiająca sprawną komunikację oraz przygotowanie publikacji naukowych

            - kompetencje (w tym „pożądane”): zdolność planowania pracy eksperymentalnej, samodzielnego wykonywania doświadczeń oraz opracowania i przedstawiania wyników, umiejętność pracy w zespole, a także głębokie zainteresowanie problematyką naukową dotyczącą funkcjonowania komórki i motywacja do pracy naukowej

Projekt przewiduje badanie regulacji przemieszczania z siateczki śródplazmatycznej do błony komórkowej dwóch transporterów karnityny SLC6A14 i SLC22A5, których poziom jest podwyższony w komórkach raka piersi. W szczególności będzie badana rola białek koatomeru II w tym procesie, a także rola kinazy AKT –kinazy białkowej o wysokiej aktywności w komórkach nowotworowych. Część eksperymentalna rozpocznie się od badań po nadekspresji genów kodujących oba transportery i będzie kontynuowana na liniach raka piersi. Przewidziane jest stosowanie technik obrazowania (mikroskopia konfokalna), technik biochemii białek (immunoprecypitacja, immunobloting, biotynylacja) oraz badanie aktywności transportowej.

Warunki zatrudnienia / Oferujemy:

            - rodzaj umowy: umowa o pracę, 100% etatu finansowane z grantu zgodnie z Regulaminem przyznawania środków na realizację zadań finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki w zakresie projektów badawczych, staży po uzyskaniu stopnia naukowego doktora oraz stypendiów doktorskich (zgodnie z uchwałą Rady NCN nr 102/2018 z dnia 8 listopada 2018, 10000,- PLN brutto/brutto, ok. 5900,- PLN netto miesięcznie) )

            - czas trwania umowy: czas określony 36 miesięcy (w tym 3-miesięczny czas próbny)

            - data rozpoczęcia pracy: 1.10.2019

            - informacje o możliwościach rozwoju zawodowego: Możliwość samodzielnej pracy w małym ale dynamicznym zespole w znakomicie wyposażonym laboratorium, a także, dzięki heterogenności naukowej Instytutu Biologii Doświadczalnej możliwość poszerzenia wiedzy i korzystania z ekspertyzy innych zespołów. Dostęp do wysokiej klasy ogólnoinstytutowej aparatury (np. mikroskopów konfokalnych i elektronowych), możliwość uczestniczenia w organizowanych w Instytucie kursach dotyczących nowoczesnej aparatury. Możliwość uczestnictwa w popularyzacji nauki.

            - dodatkowe benefity: ubezpieczenie medyczne, fundusz socjalny, częściowo odpłatna karta sportowa, możliwość uczestniczenia w spotkaniach integracyjnych

Procedura i termin przyjmowania zgłoszeń / forma składania ofert:

Wymagane dokumenty:

  • CV, życiorys naukowy, lista publikacji,
  • list motywacyjny,
  • kopia dyplomu doktora lub zaświadczenie o nadaniu stopnia,
  • dane kontaktowe (adresy e-mail) 2 osób mogących udzielić opinii o kandydacie/tce,
  • oświadczenie, że Instytut Biologii Doświadczalnej będzie podstawowym miejscem pracy,
  • zgoda na przetwarzanie danych osobowych (wzór poniżej),
  • kandydat/tka może dołączyć dodatkowe informacje i/lub kopie dokumentów świadczących o dodatkowych umiejętnościach/kwalifikacjach.

Powyższe dokumenty należy przesłać w formie elektronicznej w formacie pdf w terminie do 2 wrzerśnia br. do godz. 23:59 do kierownika projektu na adres Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript., z zaznaczeniem „post-doc application” w temacie wiadomości.

Wybrane osoby mogą zostać indywidualnie zaproszone na rozmowę kwalifikacyjną, prowadzoną w języku angielskim, podczas której zaprezentują swoje osiągnięcia naukowe.

Dane kontaktowe: prof. dr hab. Katarzyna Nałęcz, e-mail Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

Link do strony internetowej Pracowni/Działu: http://www.nencki.gov.pl/-pracownia-procesow-transportu-w-blonach-biologicznych               

Klauzula o ochronie danych osobowych do zamieszczenia w dokumentach aplikacyjnych:

Wyrażam zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych przez Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN w celu prowadzenia rekrutacji na aplikowane przeze mnie stanowisko typu Post-Doc

banner strona

febs 2019

2018AdvCourse



Z ŻYCIA TOWARZYSTWA

Składki członkowskie w roku 2022

Składki członkowskie w roku 2022

Przypominamy, że składki członkowskie za rok bieżący należy opłacić do 31 marca. Wysokość składek roku 2022: pełna - 100 zł ulgowa - 50 zł małżeńska - 150 zł Do skorzystania ze składek ulgowych uprawnieni są: studenci, doktoranci oraz emeryci zainteresowani prenumeratą Postępów Biochemii. Zwracamy się...

więcej więcej